Huyện An Minh được thành lập ngày 13 tháng 1 năm 1986, theo Quyết định số 7/HĐBT, trên cơ sở tách ra từ huyện An Biên. Huyện An Minh lúc mới thành lập có diện tích 55.824 ha, dân số 77.302 người, gồm 11 xã: Đông Hòa, Đông Hưng, Đông Thạnh, Khánh Vân, Nam Hòa, Ngọc Hưng, Tân Hòa, Tân Hưng, Tân Thạnh, Thuận Hòa, Vân Khánh.

Ngày 25 tháng 4 năm 1988, các xã Tân Hòa, Nam Hòa, Tân Thạnh, Khánh Vân, Tân Hưng bị giải thể để thành lập xã An Minh Tây và thị trấn Thứ Mười Một, đồng thời sáp nhập thêm xã An Minh Bắc tách từ huyện An Biên.

Ngày 28 tháng 5 năm 1991, sáp nhập xã Ngọc Hưng và một phần xã An Minh Tây vào xã Đông Hưng; phần còn lại của xã An Minh Tây nhập vào xã Đông Thạnh. Huyện An Minh lúc này gồm có thị trấn Thứ Mười Một và 6 xã: An Minh Bắc, Đông Hòa, Đông Hưng, Đông Thạnh, Thuận Hòa, Vân Khánh.

Ngày 18 tháng 3 năm 1997, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định 23-CP, thành lập xã Đông Hưng A trên cơ sở 3.364 ha diện tích tự nhiên và 7.091 người của xã Đông Hưng; thành lập xã Đông Hưng B trên cơ sở 8.311,99 ha diện tích tự nhiên và 10.150 người của xã Đông Hưng. Xã Đông Hưng sau khi điều chỉnh địa giới hành chính có 4.824,01 ha diện tích tự nhiên và 6.884 người.

Ngày 14 tháng 11 năm 2001,Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định 84/2001/NĐ-CP, thành lập xã Vân Khánh Đông trên cơ sở 4.001 ha diện tích tự nhiên và 7.169 người xã Vân Khánh; thành lập xã Vân Khánh Tây trên cơ sở 4.641 ha diện tích tự nhiên và 6.339 người của xã Vân Khánh. Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính để thành lập 2 xã Vân Khánh Đông và Vân Khánh Tây, xã Vân Khánh còn lại 6.240 ha diện tích tự nhiên và 10.263 người.

Cuối năm 2004, huyện An Minh có 11 đơn vị hành chính, gồm thị trấn Thứ Mười Một và 10 xã: Thuận Hòa, Đông Thạnh, Đông Hưng A, Vân Khánh Đông, Vân Khánh, Vân Khánh Tây, Đông Hòa, Đông Hưng, Đông Hưng B, An Minh Bắc.

Ngày 26 tháng 7 năm 2005, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 97/2005/NĐ-CP, thành lập xã Tân Thạnh trên cơ sở 3.956 ha diện tích tự nhiên và 10.939 người của xã Đông Thạnh. Sau khi thành lập xã Tân Thạnh, xã Đông Thạnh còn lại 5.432 ha diện tích tự nhiên và 12.641 người.

Năm 2006, Khu dự trữ sinh quyển ven biển và biển đảo Kiên Giang bao gồm cả huyện này được UNESCO công nhận là khu dự trữ sinh quyển thế giới.

Ngày 6 tháng 4 năm 2007, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định 58/2007/NĐ-CP, tách toàn bộ diện tích và dân số của xã An Minh Bắc, hợp với một số xã của 2 huyện An Biên và Vĩnh Thuận để thành lập huyện U Minh Thượng. Sau khi điều chỉnh, huyện An Minh còn lại 59.055,71 ha diện tích tự nhiên và 120.193 người, có 11 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm các xã: Đông Thạnh, Tân Thạnh, Thuận Hòa, Vân Khánh Đông, Vân Khánh Tây, Vân Khánh, Đông Hưng, Đông Hưng A, Đông Hưng B, Đông Hòa và thị trấn Thứ Mười Một.